血友病治療可能產生多種副作用，包括出血風險、感染、藥物不良反應、免疫反應、血栓形成等。 1. 出血風險：在治療過程中，如果凝血因子補充不足或治療不及時，仍可能出現自發性出血，如關節腔出血、肌肉出血等。 2. 感染：輸注凝血因子等血制品可能增加感染的機會，如病毒感染（如乙肝、丙肝、HIV 等）、細菌感染。 3. 藥物不良反應：使用止血藥物如氨甲環酸，可能出現惡心、嘔吐、頭暈等不適。 4. 免疫反應：長期接受凝血因子治療，可能產生抑制物，影響治療效果。 5. 血栓形成：在某些情況下，過度補充凝血因子可能導致血栓形成。 總之，血友病患者在治療過程中需要密切監測，醫生會根據具體情況調整治療方案，以減少副作用的發生。患者也應遵循醫囑，定期復查。

雖然血友病患者并不需要長期服用抗生素類藥物，但長期注射因子補充試劑仍存在不小的風險。上文已經提到長期注射血漿制劑容易感染血源傳播性疾病，但補充凝血因子最棘手的副作用是容易產生抑制物，一旦產生抗體有時花上百萬元也無法消除。 基因重組和非基因重組的制劑都可能產生同種抗體，這種抗體往往是對同種的異體蛋白產生的抗體，即使更換了其他的因子也難以消除。我國大概有5%的血友病人產生了這種抑制物。這些病人在產生抗體之前每周注射1-2支制劑就可以了，現在則要用到三四倍的量，治療費用也相應的增加。更可怕的是產生抗體的病人出血的風險也在升高，增加的劑量還不一定能止血，治療難度非常大。產生抗體的機制比較復雜，目前認為這種現象和基因變異可能有關，也有可能關聯著某一些特定群體也有關。