乙肝耐藥可能導致治療效果不佳、病情反復、病毒反彈、肝臟損傷加重，甚至增加肝硬化和肝癌的發生風險。 1. 治療效果不佳：耐藥使原本有效的抗病毒藥物無法抑制病毒復制，病毒載量升高，影響治療進程。 2. 病情反復：病毒重新活躍，導致肝功能指標異常，如谷丙轉氨酶、谷草轉氨酶升高等，患者可能出現乏力、食欲不振等癥狀。 3. 病毒反彈：乙肝病毒大量繁殖，可能引發更嚴重的肝臟炎癥。 4. 肝臟損傷加重：長期的病毒活躍會持續損害肝細胞，使肝臟纖維化程度加重。 5. 增加癌變風險：耐藥后病情控制不佳，長期累積會增加肝硬化和肝癌的發生幾率。 總之，乙肝耐藥危害較大，患者應嚴格按照醫囑定期復查，以便及時發現耐藥并調整治療方案。

某種核苷類藥發生了耐藥變異，不只是減少了一種可用的藥物，會牽連其他多種核苷類藥。譬如拉米夫定耐藥了，對同一類的替比夫定和恩替卡韋都會交叉耐藥；對不同類的阿德福韋雖然沒有交叉耐藥，卻也提高了耐藥的發生率。以后還要長期用核苷類藥，你治療的路就很窄了。　　在核苷類藥治療過程中已經有效的肝炎患者，不幸發生病毒耐藥變異，病毒就會反彈。“大三陽”肝炎患者，E抗原就會延遲轉陰，已經轉陰的可能逆轉陽性。　　因為病毒水平反彈增高，原有的治療效果隨耐藥的出現而迅速消失，病情遲早會加重，肝炎都會復發。病情加重急劇的，血清轉氨酶飆升，甚至出現黃疸。　　肝組織病變會惡化，在慢性進展性肝病患者，如果肝細胞急速破壞，會發生急性肝衰竭，可能出現災難性結果。　　耐藥變異后肝細胞炎癥活動加劇，肝炎的患者可能向肝硬化進展；肝硬化的患者中肝癌的發生率也會增高。