食管賁門失弛緩癥若未得到有效治療，可能會引發多種并發癥，如吸入性肺炎、食管炎、食管憩室、食管癌、營養不良等。 1.吸入性肺炎：食物反流進入氣管，導致肺部感染。患者可能出現咳嗽、發熱、呼吸困難等癥狀。 2.食管炎：長期食物潴留和反流刺激食管黏膜，引發炎癥。表現為燒心、胸痛等。 3.食管憩室：食物在食管局部堆積，使食管壁向外膨出形成憩室。可能有吞咽困難、食物反流等問題。 4.食管癌：長期的炎癥刺激和組織損傷，增加癌變風險。 5.營養不良：進食困難導致營養攝入不足，身體消瘦、乏力、免疫力下降。 食管賁門失弛緩癥的并發癥會嚴重影響患者的生活質量和健康，因此一旦確診，應及時治療，改善癥狀，預防并發癥的發生。

1）吸入性呼吸道感染：食管反流物被呼入氣道時可引起支氣管和肺部感染，尤其在熟睡時更易發生。約1/3患者可出現夜間陣發性嗆咳或反復呼吸道感染。 　　2）食管本身的并發癥：本病可繼發食管炎、食管粘膜糜爛、潰瘍和出血、壓出型憩室、食管-氣管瘺、自發性食管破裂及食道梗阻。3）并發食道癌：本病為食管癌的癌前病變，并發食道癌的發生率為0.3%～20%。綜合1908～1975年間文獻報告的5235例食管賁門失弛緩癥，并發食管癌者173例，平均發生率為3.3%，顯著高于一般人群，應予重視。