巨細胞病毒感染癥的預后受多種因素影響，包括患者的年齡、免疫狀態、感染的嚴重程度、治療的及時性以及是否存在并發癥等。 1.年齡：新生兒和免疫功能低下的人群，如艾滋病患者、接受器官移植者，預后相對較差。 2.免疫狀態：免疫功能正常的個體通常癥狀較輕，預后較好；而免疫缺陷者病情可能較重，恢復較慢。 3.感染嚴重程度：輕癥感染經過適當治療，預后良好；重癥感染可能導致器官功能損害，影響預后。 4.治療及時性：早期診斷并及時接受抗病毒治療，有助于改善預后。 5.并發癥：若出現腦炎、肺炎、肝炎等并發癥，會增加治療難度，影響預后。 總體來說，巨細胞病毒感染癥的預后因人而異。大多數免疫功能正常者預后較好，但免疫功能低下者需要密切關注，積極治療，以爭取良好的預后。

先天性巨細胞包涵體病患兒，可出現各種先天畸形，可有痙攣狀態、兩側癱瘓、癲癇樣抽搐、視神經萎縮、耳聾（少數患兒發生耳聾），并可對細菌感染的敏感性增加。有的無癥狀先天性CMV感染的患兒，雖體格發育正常，仍可有先天畸形及聽力損害，但其發生率和嚴重程度均低于有癥狀的患兒。不顯性CMV感染的激活常發生于各種因素使機體免疫力降低的情況下，可使潛在的病毒感染被激活而發病。這些因素包括妊娠、器官移植，應用免、疫抑制劑或抗代謝藥物、外科手術、巨血病、腫瘤等，可出現肺炎、肝炎視網膜炎。間質性肺炎是骨髓移植受者CMV感染最嚴重的后果，其發生率達40%，病死率達90%。AIDS患兒具有較高的CMV感染率，其特點是遷延的病毒血癥，病情呈進行性發展常為最常見的死因。