大血管錯位的預后受多種因素影響，包括病情嚴重程度、治療時機、是否存在并發癥、患者自身狀況以及后續的康復治療等。 1.病情嚴重程度：若錯位情況復雜，合并其他心臟畸形，預后相對較差；反之則較好。 2.治療時機：早期診斷并及時治療，能明顯改善預后；延誤治療會增加風險。 3.并發癥：出現心力衰竭、肺動脈高壓等并發癥，會使預后不佳。 4.患者自身狀況：患者身體素質好，免疫力強，對預后有利。 5.康復治療：積極規范的康復訓練有助于恢復心功能，提升預后效果。 總之，大血管錯位的預后并非絕對，通過早期診斷、及時有效的治療以及良好的康復，部分患者可以獲得較好的生活質量和生存預期。但每個患者的情況不同，需要綜合評估和個體化治療。

大血管錯位的患兒一定要及時就行救治，如果不治療，室間隔完整的完全性大血管錯位病兒將有超過50%的幾率在出生后1個月內死亡，少數存活至6個月，約90%將在1歲內死亡，平均存活年齡0.65歲，極少數能存活至10歲。單純性完全型TGA并有房間隔缺損者預后較好，無房間隔缺損者僅有4%可生存1年。復雜性完全型TGA僅并有室間隔缺損者，早期存活率較高，約32%可存活至1歲。隨之發生的肺動脈高壓及肺血管疾病。如同時有肺動脈狹窄，則預后較好。