皰疹病毒在感染生殖器皮膚粘膜后，常潛伏在骶神經節。潛伏感染是生殖器皰疹復發的根本原因。目前普遍認為生殖器皰疹是一種復發性的終生性疾病，但并非所有病人均會復發。單純皰疹病毒2型所致生殖器皰疹較1型更容易復發。 潛伏的病毒受一些因素影響而復活，皰疹就會復發。復發的誘因很多。比如，頻繁的性交、勞累、感冒、發熱、酗酒、情緒緊張、月經等等。有時復發的誘因也找不到。對于復發頻繁的病人，可以用長期抑制治療，即采用阿昔洛韋、伐昔洛韋、泛昔洛韋等藥物，以較小的劑量，持續用藥，療程為1年。治療1年后，應在醫師指導下，視病人心理上對疾病的適應性、疾病復發頻率等情況考慮是否停藥。在服藥期間，疾病基本上不會復發，但停藥后可能還會復發。這類藥物安全性很好，長期用藥不會對身體產生不利影響，也不必擔心病毒會發生耐藥。由于藥物的價格較昂貴，這種療法的花費很大。因此，對于有復發前驅癥狀的病人，即復發前數小時～數天內在生殖器或肛門部位出現瘙癢、燒灼感、刺痛、隱痛、麻木感、會陰墜脹感等不適，可以在皮膚損害還沒有出來之前就開始服藥，服藥時間為1～3天，這樣同樣可以免除疾病復發之苦，同時又可節省費用。 值得慶幸的是，隨著時間的推移，生殖器皰疹的復發一般就逐漸減少，病人可不必終生與抗病毒藥物為伍。