腎盂腎炎它是由各種致病微生物直接侵襲所引起的腎盂腎盞粘膜和腎小管、腎間質感染性炎癥。在一些患者的腎疤痕組織中存在病菌抗原，表明在這種疾病的發病機理中，免疫性腎組織損害也可以是它的原因之一。細菌從身體內的病灶侵入血流，到達腎臟引起炎癥，血行感染時，細菌首先到達腎皮質，并在該處形成多數小膿腫，然后沿腎小管向下行擴散到腎乳頭和腎盂。

上行感染是最常見的腎盂腎炎的原因。當機體抵抗力下降、尿道粘膜有輕微損傷后，細菌易侵襲膀胱和腎臟造成感染。由于女性尿道遠較男性短而寬，女嬰尿道口常被糞便污染，故易致病。有部分病人在急性腎盂腎炎期尿培養發現致病菌，而在以后的慢性進程中，尿培養卻再沒有致病菌出現，而疾病仍逐漸進入慢性腎盂腎炎。外傷或鄰近腎臟的器官發生感染時，細菌可直接侵入腎脈引起腎盂腎炎。這也是腎盂腎炎的病因

如果尿路梗阻、畸形及機體免疫功能低下等易感因素持續存在，抗菌治療未能徹底控制急性腎盂腎炎期形成的腎盂黏膜下的炎癥或小膿瘍，可留下小瘢痕，引起腎內梗阻，致使疾病反復發作及遷延為慢性腎盂腎炎。對于疾病要保持好的心態，任何疾病能夠對癥治療都是有利于疾病得到康復的。