東方馬型腦炎潛伏期為7～10天。除一部分病人有前驅癥狀如倦怠、食欲缺乏、腹痛、咽痛、頭痛外，臨床經過分三個階段。⒈初熱期急性起病，突然出現寒戰、高熱，伴劇烈頭痛，惡心嘔吐，眼結膜炎等癥狀，體溫很快升至39℃以上，持續2～3天，稍下降，然后再上升進入極期。⒉極期主要表現為持續高熱(40℃以上)和明顯中樞神經系統癥狀、體征。病人有劇烈頭痛、嘔吐、肌張力增強，譫妄或嗜睡，很快進入昏迷或驚厥。頸項強直明顯，凱爾尼格征陽性，腹壁反射和提睪反射消失，四肢肌肉痙攣，部分病人表現麻痹。部分病人有眼肌麻痹，眼瞼下垂、偏視。病重者因嚴重腦水腫發展成腦疝，引起呼吸不規則，直至呼吸心跳停止。也可因合并肺感染而死亡。死亡多發生在病后2周內。此期一般持續7～8天。⒊恢復期發熱：患者進入恢期后，各種癥狀逐漸改善和恢復，一般來說，體溫也跟著逐漸下降，但是如果患者病情較重的話，那發熱時間有持續長一點。癥狀和其它各項體征都有明顯好轉。神經系統癥狀體征：通常遺留有語言障礙、嗜睡狀、定向力差，對周圍事物漠不關心或步態失調等。