生殖器皰疹的傳染源是有癥狀的患者和無癥狀感染者。無癥狀感染者及不典型患者是該病的主要傳染源。在賣淫婦女中，無癥狀感染相當普遍。大多數生殖器皰疹患者是在與性伴的性接觸中感染上該病的，而這些性伴往往并不知道自己得了生殖器皰疹。在有癥狀時，傳染性強，而無癥狀感染者及復發性患者的無癥狀期也可有傳染性。生殖器皰疹的傳播途徑有性接觸傳播和母-嬰及母-胎兒間傳播。性接觸傳播是該病的主要傳播途徑，包括生殖器性交、口交和肛交。垂直傳播是指母-嬰及母-胎兒間傳播，包括子宮內感染和經產道感染。單純皰疹病毒存在于女性患者的宮頸、陰道、尿道、外陰和肛門，男性患者的陰莖、尿道、肛門和精液。性交時性器官皮膚粘膜受到摩擦，病毒顆粒即可通過肉眼不能發現的微小裂隙進入皮膚粘膜細胞中，病毒在細胞內復制繁殖并破壞細胞，從而損傷皮膚粘膜。 陰莖套等屏障式避孕措施可大大減少生殖器皰疹(尤其是無癥狀生殖器皰疹)傳染的危險性，但有皮損時性交，即使使用陰莖套也可能感染。單純皰疹病毒疫苗接種是預防生殖器皰疹的最佳方法，但目前單純皰疹病毒疫苗僅在美國等少數國家處于臨床試驗階段，其實際效果仍在進一步評價中，而在我國尚未開展單純皰疹病毒疫苗的研究。因此，和其它性病一樣，潔身自愛，杜絕多性伴，是預防生殖器皰疹的根本措施。