慢性菌痢是由痢疾桿菌引起的腸道傳染病，病程超過2個月。治療需綜合考慮多個方面，包括抗菌治療、對癥治療、飲食調整等。身體健康為重，一旦感到不適，應及時就醫，避免自行診斷用藥帶來的風險。
1.抗菌藥物選擇：可選用氟喹諾酮類藥物如諾氟沙星、環丙沙星等，也可使用磺胺類藥物如磺胺嘧啶等。
2.對癥治療：發熱時給予物理降溫或解熱鎮痛藥；腹痛明顯者可使用顛茄片等解痙藥。
3.腸道微生態調節：補充益生菌，如雙歧桿菌四聯活菌片等，以恢復腸道正常菌群。
4.營養支持：保證充足的營養攝入，選擇易消化、富含維生素和蛋白質的食物。
5.中醫治療：可采用中藥灌腸等中醫療法。
慢性菌痢治療需綜合多種方法，患者應嚴格遵醫囑用藥，注意飲食衛生，定期復查。

慢性細菌性痢疾確實可表現為腹痛、膿血便，可通過大便常規來進行確診。治療首先應該抗菌治療，根據大便培養結果選擇藥物。2、調整腸道功能口服腸粘膜保護劑(思密達)及微生態調節劑（培菲康）。3、飲食療法鼓勵正常進食。要求飲食高熱量、高蛋白、低乳糖、低滲透壓。注意補充維生素A及葉酸。4、藥物保留灌腸腸粘膜殘留病變者采用本療法。5、中醫中藥本證為脾腎陽虛兼大腸濕熱，治則為健脾補腎活血兼清濕熱，如附子理中湯加減，參苓白術散加減。針刺足三里、天樞。