生殖器皰疹嚴重的影響患者的生育質量，如果婦女患生殖道生殖器皰疹以后，在分娩的時候，通過產道的嬰兒就可能被傳染，引起嬰兒咬吸道疣。直接接觸或者是間接的接觸被污染的物品以后，就可能導致眼角膜的乳頭狀瘤和口腔黏膜的乳頭狀瘤。生殖器皰疹的發生，還可能引起癌變。

生殖器皰疹早期癥狀的患者好發于包皮系帶、冠狀溝、包皮、尿道、陰莖、肛門周圍和陰囊。病初為淡紅或污紅色粟狀大小贅生物，性質柔軟，頂端稍尖，逐漸長大或增多。生殖器皰疹早期癥狀可發展成乳頭狀或囊狀，基底稍寬或有帶，表面有顆粒。在肛門部常增大，狀如菜花，表面濕潤或有出血，在顆粒間常積存有膿液，散發惡臭氣味，搔抓后可繼發感染。

在早期，多數患者一般無癥狀。損害大小及形狀不等，可僅為數個，亦可為多數針頭樣大的損害。在陰肛部可長成大的腫瘤樣物，有壓迫感;有惡臭味;有時小的生殖器皰疹可出現陰部痛癢不適，病人可出現尿血和排尿困難;直腸內生殖器皰疹可發生疼痛、便血，而直腸內大的生殖器皰疹則可引起里急后重感。