生殖器皰疹的癥狀表現多種多樣。在生殖器溫度較低而且干燥部位的損害常常表現為小而扁平狀，而在溫熱、濕潤部位者常呈絲狀或乳突瘤狀。生殖器皰疹的癥狀初起為細小淡紅色丘疹，后逐漸增大加多相互融合，表面凹凸不平，濕潤柔軟，呈乳頭瘤樣，雞冠樣，草樣，蕈樣或菜花樣突起，紅色或污灰色，根部常有蒂，且易發生糜爛滲液，易出血。皮損裂縫間常有膿性分泌物郁積其中，致有惡臭，自覺有癢感且每因搔抓而引起繼發感染。

導致生殖器皰疹的主要的原因是夫妻間性生活不衛生，自身免疫力低下也是誘發生殖器皰疹的主要原因之一，所以不僅要用對，還要提高自身免疫力，通過飲食調整、身體鍛煉等。

原發性生殖器皰疹，往往伴有全身不適，低熱、頭痛等全身癥狀，局部淋已結腫大。 生殖器皰疹從感染到發病一般為3-5天，患處先有燒灼感，然后出現紅斑，繼之在紅斑的基礎上發生多群紅色丘疹，并感到熱癢，不久即可變成小水庖，數日后水皰變為膿性，破后可形成糜爛。