生殖器皰疹初期癥狀為小的淡紅色丘疹，后逐漸長大，表面呈凹凸不平的柔軟乳頭樣病變，有的呈菜花狀，根部可有蒂，表面濕潤，有分泌物浸漬可呈灰白色，污灰色或紅色。時間較久者表面可有糜爛滲液，有時因有癢感，而搔抓繼發細菌性感染，表面出現膿性分泌物，有臭味和疼痛。

女性生殖器皰疹的癥狀表現為從外陰至陰道、宮頸等處都長滿了一片毛棘或很多小菜花狀突起，好似玫瑰色的芒刺或雞冠花。生殖器皰疹的數目少則數個，多則十余個，數十個以至百個之多。極少數病人由于不及時，使生殖器皰疹長得很大，成為巨大生殖器皰疹，可向深部穿透，產生很多瘺管通向尿道或經5-40年惡變為癌腫，這些都是生殖器皰疹的癥狀。

生殖器皰疹早期癥狀的患者好發于包皮系帶、冠狀溝、包皮、尿道、陰莖、肛門周圍和陰囊。病初為淡紅或污紅色粟狀大小贅生物，性質柔軟，頂端稍尖，逐漸長大或增多。生殖器皰疹早期癥狀可發展成乳頭狀或囊狀，基底稍寬或有帶，表面有顆粒。在肛門部常增大，狀如菜花，表面濕潤或有出血，在顆粒間常積存有膿液，散發惡臭氣味，搔抓后可繼發感染。