生殖器皰疹嚴重的影響患者的生育質量，如果婦女患生殖道生殖器皰疹以后，在分娩的時候，通過產道的嬰兒就可能被傳染，引起嬰兒咬吸道疣。直接接觸或者是間接的接觸被污染的物品以后，就可能導致眼角膜的乳頭狀瘤和口腔黏膜的乳頭狀瘤。生殖器皰疹的發生，還可能引起癌變。

生殖器皰疹早期癥狀有初發時，大都為微小淡紅色小丘疹，皮疹逐漸增大或增多，互相融合和重疊，呈凹凸不平的乳頭狀。由于引起生殖器皰疹的hsv類型、感染時間的長短、受感染者的個體、性別、部位等不同而出現大小不等、形狀各異的表面癥狀等多種生殖器皰疹早期癥狀。小者僅肉眼可見，大者可覆蓋整個外陰和肛門，有陰莖癌樣，有色素痣樣，有點滴狀，有條索狀，有菜花狀，有葉狀，有斑快狀，有蠣殼狀，有結節狀，有針刺狀，有丘疹狀，有丘皰沫狀，有雞冠狀，有蕈樣，有泡沫樣等一系列生殖器皰疹早期癥狀。

在早期，多數患者一般無癥狀。損害大小及形狀不等，可僅為數個，亦可為多數針頭樣大的損害。在陰肛部可長成大的腫瘤樣物，有壓迫感;有惡臭味;有時小的生殖器皰疹可出現陰部痛癢不適，病人可出現尿血和排尿困難;直腸內生殖器皰疹可發生疼痛、便血，而直腸內大的生殖器皰疹則可引起里急后重感。