子宮內膜是胚胎著床和生長發育之地，但在病理狀態下，如子宮內膜炎、子宮內膜異位癥及子宮腺肌癥等，可轉化成抗原或半抗原，刺激機體自身產生相應的抗體.此外，人工流產刮宮時，胚囊也可能作為抗原刺激機體產生抗體。

免疫系統是一個極為復雜的系統，在維持機體的穩態和健康方面起著重要的作用。免疫系統主要有三大功能，即抵御外來的致病微生物侵襲，清除自身衰老死亡的細胞以及識別并清除突變的細胞，因而是維持機體內環境穩定的必不可少的生理性防御機制。當免疫系統防御功能發生異常，則會導致一系列免疫病理過程，如感染、免疫缺陷、自身免疫性疾病以及腫瘤等的發生，也可能導致生殖過程的障礙。一般自身組織不成為抗原，但在有些情況下也會產生抗體，如感染，經血倒流，燒灼或藥物作用等，能使組織細胞中的蛋白質發生質的變性而成為自身抗原，這種物質一旦進入血循環，刺激機體則可產生免疫反應?？棺訉m內膜抗體就屬于自身抗體，在正常育齡婦女中也可以檢測到，但在不孕癥人群中，特別是患有子宮內膜異位癥的婦女中更多見。正常機體具有自身免疫調節功能，產生極弱的自身抗體，幫助清除體內衰老變性的自身成分，一旦由于某種原因導致免疫系統對自身組織產生過度免疫應答，則會發生過強的一系列免疫反應，致使所侵及的組織免疫活性細胞增多，免疫復合物沉積，而導致功能改變。當這種抗子宮內膜抗體由于反復刺激而大量產生達到一定的含量時，可與自身的子宮內膜組織發生抗原抗體結合反應，并激活免疫系統引起損傷性效應，造成子宮內膜組織細胞生化代謝及生理功能的損害，干擾和妨礙精卵結合，受精卵的著床和胚囊的發育而導致不孕或流產。但是，這種免疫不孕是相對概念，是指免疫使生育力降低，暫時導致不孕。不孕狀態能否持續取決于免疫力與生育力間的相互作用，若免疫力強于生育力，則不孕發生，如后者強于前者則妊娠發生。不孕常有多種因素同時存在，免疫因素也可作為不孕的唯一原因或與其他病因并存。