長期服用益生菌可能引發腸道功能紊亂、過敏反應、菌群失調、抗生素耐藥性增加以及感染風險提升等風險。健康問題不容忽視，身體稍有不適即應就醫，聽從醫生的專業建議進行治療。
1.腸道功能紊亂：過量益生菌可能導致腹瀉或便秘，干擾正常腸道蠕動。
2.過敏反應：某些個體對特定益生菌成分敏感，可能出現皮疹、呼吸困難等癥狀。
3.菌群失調：長期大量攝入益生菌可能抑制本土有益菌生長，破壞腸道微生態平衡。
4.抗生素耐藥性增加：益生菌攜帶的遺傳物質可能轉移給致病菌，增強其對抗生素的抵抗力。
5.感染風險提升：免疫功能低下者長期服用，益生菌可能成為潛在病原體，引發感染。
鑒于上述風險，建議在醫生指導下合理使用益生菌，遵循適量原則，避免長期無節制補充。對于特殊人群，如免疫系統受損者，更需謹慎選擇和使用益生菌制劑。

益生菌分為：：①乳桿菌類（如嗜酸乳桿菌、干酪乳桿菌、詹氏乳桿菌、拉曼乳桿菌等）；②雙歧桿菌類（如長雙歧桿菌）、短雙歧桿菌、卵形雙歧桿菌、嗜熱雙歧桿菌等）；③革蘭氏陽性球菌（如糞鏈球菌、乳球菌、中介鏈球菌等）。此外，還有一些酵母菌與酶亦可歸入益生菌的范疇。生菌產品只含有一種或幾種細菌，而腸道細菌的種類多達幾百種，要讓數量如此少的幾種益生菌去影響數量如此巨大種類如此復雜的菌群平衡，是非常困難的。