1.腹痛多位于右下腹，反映腸結核好發于回盲部。常有上腹或臍周疼痛，系回盲部病變引起的牽涉痛，但此時體檢仍可發現壓痛點位于右下腹。疼痛多為隱痛或鈍痛。有時進餐可誘發腹痛伴便意，排便后即有不同程度緩解，這是由于進餐引起的胃回腸反射或胃結腸反射促發病變腸段痙攣或蠕動加強。并發腸梗阻時有腹絞痛，常位于右下腹或臍周，伴有腹脹、腸鳴音亢進、腸型與蠕動波。
2.腹瀉與便秘腹瀉是潰瘍型腸結核的主要臨床表現之一。排便次數因病變嚴重程度和范圍不同而異，一般每日2～4次，重者每日達10余次。不伴有里急后重。糞便呈糊樣，一般不含黏液或膿血，重者含少量黏液、膿液，但便血少見。有時患者會出現腹瀉與便秘交替，這與病變引起的胃腸功能紊亂有關。增生型腸結核多以便秘為主要表現。
3.腹部腫塊常位于右下腹，一般比較固定，中等質地，伴有輕度或中度壓痛。腹部腫塊主要見于增生型腸結核，也可見于潰瘍型腸結核合并有局限性腹膜炎，病變腸段和周圍組織粘連，或同時有腸系膜淋巴結結核。
4.全身癥狀 引起全身癥狀多見于潰瘍型腸結核，表現為不同熱型的長期發熱，伴有盜汗。
患者倦怠、消瘦、貧血，隨病程發展而出現維生素缺乏等營養不良的表現。可同時有腸外結核特別是活動性肺結核的臨床表現。增生型腸結核病程較長，全身情況一般較好，無發熱或有時低熱，多不伴有腸外結核表現。