陰莖根部長黑褐色疙瘩且有疼痛感，可能與毛囊炎、皮脂腺囊腫、尖銳濕疣、尋常疣、黑色素瘤等有關。當身體感到不適時，務必及時就醫，聽從醫生的指示進行診治，不宜自己隨意用藥。
1.毛囊炎：多因細菌感染毛囊引起，局部紅腫，有疼痛，可形成膿包。治療上可外用莫匹羅星軟膏、夫西地酸乳膏等。
2.皮脂腺囊腫：由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂潴留形成。一般無明顯癥狀，合并感染時可有疼痛。治療多采用手術切除。
3.尖銳濕疣：由人乳頭瘤病毒感染所致，表面粗糙，呈菜花狀。治療包括激光、冷凍、外用咪喹莫特乳膏等。
4.尋常疣：由病毒感染引起，質地堅硬。可通過冷凍、電灼等方法治療。
5.黑色素瘤：惡性程度較高，表現為黑色結節或斑塊，迅速增大。治療以手術為主，結合放化療。
陰莖根部出現異常疙瘩伴疼痛，應及時就醫，明確診斷，以便采取合適的治療方法。