HLA-B27與強直性脊柱炎的治療包括藥物治療和手術治療。藥物治療：
（1）非甾體類抗炎藥 有消炎止痛、減輕僵硬和肌肉痙攣作用。副作用為胃腸反應、腎臟損害、延長出血時間等。妊娠及哺乳期婦女，更應特別注意。
（2）柳氮磺胺吡啶 SSZ是5-氨基水楊酸（5-ASA）和磺胺吡啶（SP）的偶氮復合物，80年代開始用于治療AS。副作用主要為消化道癥狀、皮疹、血象及肝功改變等，但均少見。用藥期間宜定期檢查血象及肝腎功能。
（3）甲氨蝶呤 據報道療效與SSZ相似。口服和靜脈用藥療效相似。副作用有胃腸反應、骨髓抑制、口腔炎、脫發等，用藥期間定期查肝功和血象，忌飲酒。
（4）腎上腺皮質激素 一般情況下不用腎上腺皮質激素治療AS，但在急性虹膜炎或外周關節炎用NSAIDs治療無效時，可用CS局部注射或口服。
（5）雷公藤多甙 國內最初用雷公藤酊治療AS，有消炎止痛作用，療效較酊劑好，服用方便。副作用有胃腸反應、白細胞減少、月經紊亂及精子活力降低等，停藥后可恢復。
（6）生物制劑 腫瘤壞死因子（TNF-α）拮抗劑等（如益賽普、阿達木單抗等）是目前治療AS等脊柱關節疾病的最佳選擇，有條件者應盡量選擇。
手術治療：嚴重脊柱駝背、畸形，待病情穩定后可作矯正手術，腰椎畸形者可行脊椎截骨術矯正駝背。對頸7胸1截骨術可矯正頸椎嚴重畸形。