新生兒柯薩奇病毒B感染的治療目前尚無特殊有效的方法。主要治療原則是在加強隔離護理基礎上，積極對癥治療，保護心功能維持水電解質平衡，糾正體液酸堿紊亂、提高免疫功能，防治繼發感染。
1.加強隔離護理,對疑診或確診新生兒CVB感染患兒均應給以有效隔離，奶具、醫療用品、生活用品均應單獨清洗消毒。
2.對癥處理,腦膜炎型有驚厥時應給予苯巴比妥（魯米那）、水合氯醛或地西泮（安定）；腦水腫、顱內壓增高給予甘露醇、呋塞米等脫水劑；有休克、酸中毒應在擴容、糾酸基礎上，加用血管活性藥物如多巴胺、酚妥拉明等；DIC可給肝素（早期高凝階段）；有嚴重出血、高膽紅素血癥可采用輸血換血等療法。本病病程中常并發細菌感染，可應用敏感抗生素對癥治療。
3.治療心肌炎可試用營養心肌藥物如維生素C，
1,6-二磷酸果糖，有心衰竭時可使用利尿劑，強心劑。
4.支持治療,干擾素是一類在同種細胞上具有廣譜抗病毒活性的蛋白質，已陸續報道在CVB感染中有一定療效。