一般根據下面幾點來鑒別診斷：病人有化膿性感染源：如慢性中耳炎，乳突炎，副鼻竇炎，肺部感染。有開放性顱腦損傷、先天性心臟病及身體其他部位感染源史；全身感染癥狀；多有腦膜炎病史，逐漸出現顱內壓增高征象，出現腦膿腫相應部位的大腦或小腦損害征象；腰椎穿刺：膿腫的占位效應多導致腦脊液的壓力增高，如有視乳頭水腫者腰穿應列為禁忌。在急性腦炎階段，腦脊液細胞數常增高，糖和氯化物降低。但膿腫形成后，細胞數多降為正常。腦脊液中蛋白定量可輕度增高。5.影像學檢查。

腦膿腫的診斷方法主要為以下五種： 1化膿性腦膜炎：有高熱脈快腦膜刺激征明顯但無局限神經定位征腦脊液白細胞和蛋白質增高腦超聲檢查腦血管造影和CT掃描均正常 2硬膜外或硬膜下積膿：常與腦膿腫合并存在很少獨立發生腦血管造影腦表面為一無血管區CT發現腦表面有半月形低密度影 3血栓性竇感染：細菌栓子脫落沿靜脈竇擴散所致表現為周期性膿毒敗血癥,不規則寒戰,弛張熱脈快末梢血粒細胞增加但腦脊液無改變可借助腦超聲腦血管造影和CT掃描鑒別 4化膿性迷路炎：由化膿性中耳炎所致癥狀類似小腦膿腫,但頭痛較輕,嘔吐眩暈嚴重眼震多呈自發水平和旋轉混合型共濟失調為雙側性或不明顯無腦膜刺激征無視乳頭水腫腰穿正常 5腦腫瘤：發病緩慢無感染病史僅顱內壓增高腦脊液細胞正常經顱平片血管造影CT掃描不難鑒別