由于肉毒梭菌外毒素在堿性液中易破壞，在氧化劑作用下毒性減弱，故確診或疑似肉毒中毒時，可用5%碳酸氫鈉或1∶4000高錳酸鉀溶液洗胃，清除攝入的毒素。對沒有腸麻痹者，可應用導瀉劑和灌腸排除腸內未吸收的毒素，但不宜使用枸櫞酸鎂和硫酸鎂。因鎂可加強肉毒梭菌毒素引起神經肌肉阻滯作用。

患者應嚴格臥床休息，并予適當鎮靜劑，以避免癱瘓加重。患者于食后4h內可用5%碳酸氫鈉或1：4000高錳酸鉀溶液洗胃及灌腸，以破壞胃腸內尚未吸收的毒素。 　

1.一般治療
　　(1)清除胃腸內毒：由于肉毒梭菌外毒素在堿性液中易破壞，在氧化劑作用下毒性減弱，故確診或疑似肉毒中毒時，可用5%碳酸氫鈉或1∶4000高錳酸鉀溶液洗胃，清除攝入的毒素。對沒有腸麻痹者，可應用導瀉劑和灌腸排除腸內未吸收的毒素，但不宜使用枸櫞酸鎂和硫酸鎂。因鎂可加強肉毒梭菌毒素引起神經肌肉阻滯作用。
　　(2)對癥治療：加強護理，密切觀察病情變化，呼吸道有分泌物不能自行排出者，應予以定期吸痰，必要時選擇氣管切開。一旦發生呼吸衰竭，應盡早使用人工呼吸器輔助呼吸，對較輕的病例可作氣管插管。對嚴重腸梗阻患者應用鼻胃管胃腸減壓。有尿潴留者應給予持續導尿。天咽困難者用鼻飼或靜脈滴注，發生肺炎等繼發感染時給予適宜的抗菌藥物。創傷型肉毒中毒患者，必須徹底清創，并給予抗血清。
　　(3)補充液體及營養：有吞咽困難者應予鼻飼飲食或者靜脈滴注每天必需的液體、電解質及其他營養。
　　2.抗毒素治療精制肉毒抗毒血清可中和體液中的毒素。一般主張早期、足量使用。在毒型未能鑒定之前應給予多價抗毒素(A，B，E混合三聯抗毒素)5萬～10萬U，一次肌內注射或靜脈注射，6h后重復給藥。重癥病例，減量或停藥均不宜過早。當毒素型別明確時，應采用同型抗毒素血清注射。抗毒素血清注射前，應作皮內過敏試驗，如為陽性，必須由小劑量開始、逐步加量脫敏注射，直到病情緩解為止。嬰兒肉毒中毒的治療，由于患兒血中很少有毒素，故一般不建議使用抗毒素，主要采取對癥治療。近來有人主張大劑量青霉素，可減少腸道內肉毒梭菌外毒素的產生和吸收。
　　3.其他治療吡啶(pyridine)能刺激神經生芽，可縮短病程;鹽酸胍啶有促進周圍神經釋放乙酰膽堿作用，故認為對神經癱瘓和呼吸功能有改進作用，劑量為15～50mg/(kg·d)，可經鼻飼給予，但對嚴重的呼吸衰竭患者則無效。
不良反應有胃腸反應、麻木感、肌痙攣、心律不齊等。抗生素僅適用于有并發感染者。