診斷耶氏肺孢子菌肺炎需綜合多方面因素，包括癥狀表現、影像學檢查、實驗室檢查等。身體感到不適時，務必及時就診，聽從醫生的建議進行診治，不要自己擅自用藥。
1.癥狀：患者常有發熱、干咳、呼吸困難等癥狀。
2.影像學表現：在HIV陽性和HIV陰性患者中，常見彌漫性實質性肺疾病表現，如毛玻璃影或結節影，且非按肺解剖區域分布。HIV陽性患者還可能有肺葉浸潤影、氣胸、肺不張、結節影甚至胸腔積液。
3.實驗室檢查：常用的有病原學檢查，如痰液、支氣管肺泡灌洗液等標本的染色鏡檢、PCR檢測等。
4.免疫功能檢測：了解患者的免疫狀態，如CD4+T淋巴細胞計數等。
5.其他檢查：肺功能檢查可能顯示限制性通氣功能障礙。
綜合上述多種檢查結果，結合患者的臨床表現和病史，可對耶氏肺孢子菌肺炎做出準確診斷。

對高危人群結合臨床表現和X線檢查可考慮診斷，病原學檢查可以確診，痰找病原體陽性率極低，可用3%高滲鹽水霧化后誘導咳痰。支氣管肺泡灌洗(BAL)和經纖維支氣管鏡肺活檢陽性率可達80%~100%。BAL可以與解剖檢查同期發現肺孢子菌，可用于早期診斷。近年主張以胸腔鏡活檢取代剖胸活檢。