本病的治療以手術為主要原則。濕熱蘊結證，應給予清熱利濕解毒；熱毒熾盛證，應給予清熱解毒透膿。陰虛毒戀證，應給予養陰清熱解毒。外治法
(1)初起實證，用如意金黃膏(散)外敷，位置較深者可用如意金黃散調糊灌腸。虛證，用沖和膏或陽和解凝膏外敷。
(2)成膿宜切開排膿，根據膿腫位置的深淺和病情緩急選擇手術方法。
(3)潰后先用紅油膏，后用生肌玉紅膏或生肌白玉膏紗條引流。日久成瘺者，按肛瘺處理。手術方法
(1)一次性切開療法適用于淺部膿腫。
(2)切口開加掛線療法適用于高位膿腫。
(3)單純切開引流適用于體質虛弱或不愿住院治療的深部膿腫。

本病的治療以手術為主要原則。濕熱蘊結證，應給予清熱利濕解毒；熱毒熾盛證，應給予清熱解毒透膿。陰虛毒戀證，應給予養陰清熱解毒。

治療方法 1外敷法采用敷藥治療，陽證肛癰以清熱解毒，軟堅散結，使膿腫局限或消散。①玉露膏外敷，有涼血、清熱、消腫之作用。處方：芙蓉花葉曬干研細末，用凡士林調成30%軟膏敷患處，每日2-3次。②金黃膏外敷，有清熱除濕，散瘀化痰，止痛消腫之功能。處方：黃柏、大黃、姜黃、白芷各６０克，川樸、陳皮、蒼術、南星、甘草各２５克，天花粉３０克共研細末，以茶水調和外敷或配成３％凡士林軟膏。陰證肛癰，用沖和膏。 2熏洗法該法適用于各期膿腫，具有清熱解毒、活血消腫、散結止痛之功，常用方藥有祛毒湯等。 3切開法肛門直腸周圍膿腫，成膿后宜早期切開排膿，不能讓其自潰，因皮膚較堅韌，膿液易向深部及左右擴竄，而穿破皮膚較難，如不早期切開，膿液必然增大加深，粘膜下膿腫亦應早期切開排膿，切開時注意將膿腫下緣完全敞開，防止形成內盲瘺。