呼吸衰竭可能引發多種并發癥，包括心血管系統、呼吸系統、神經系統、消化系統及血液系統等方面的問題。身體不適時，應盡快尋求專業醫療意見，遵循醫生的建議進行治療，切莫自行開處方。
1.肺性腦?。阂蛉毖鹾投趸间罅魧е履X組織損害，出現神經精神癥狀。
2.酸堿平衡失調及電解質紊亂：常見代謝性酸中毒、呼吸性酸中毒等。
3.心律失常：心肌缺氧及酸堿失衡可誘發。
4.消化道出血：應激性潰瘍導致，與缺氧和二氧化碳潴留有關。
5.彌散性血管內凝血（DIC）：多系統功能障礙引起凝血機制異常。
6.腎功能不全：低氧血癥和高碳酸血癥影響腎臟血液循環。
呼吸衰竭并發癥較多，病情復雜，需及時治療原發病，預防和處理并發癥。

呼吸衰竭為病因中各疾病的并發癥，并非單獨一個病，并發癥因病因不同而出現各種不同的疾病。

并發癥包括呼吸衰竭時，對機體各系統正常功能的影響以及各種治療措施（主要是呼吸機治療）帶來的危害，如：呼吸道感染，肺不張，呼吸機與肺損傷，氣管插管及氣管切開的并發癥，肺水腫與水潴留，循環系統并發癥，腎臟和酸堿平衡等。