新生兒咽下綜合征的病因：
1.妊娠早期時，羊水主要是從母體血清經胎膜進入羊膜腔的透析液，胎兒血循環形成以后，水分及小分子物質可通過尚未角化的胎兒皮膚，也是羊水的一個來源。妊娠中期以后胎兒尿液排入羊膜腔，使羊水的滲透壓逐漸降低，尿酸、肌酐量逐漸升高。另一方面，胎兒又通過吞咽羊水來取得量的平衡。此時胎兒皮膚逐漸角化，不再是羊水的來源。
2.妊娠晚期，羊水的運轉除胎尿的排出和羊水的吞咽這兩條重要途徑以外，胎肺吸收羊水也是一個運轉途徑。此外，胎盤胎兒面的羊膜是水和小分子溶質的交換場所，但其量較小。羊水的來源受多種因素的影響，羊水的量和成分是水和小分子物質在母體、羊水和胎兒三者之間進行雙向交換取得動態平衡的結果。羊水量承受著妊娠的進展不斷增加，妊娠8周時，羊水量為5至10毫升，妊娠20周時達到400毫升，至4至8周時是最高峰，約為1000毫升，以后量逐漸減少，到足月妊娠時平均為800毫升左右。正常情況下，胎兒在宮內可吞入少量羊水，對胎兒的胃黏膜并無刺激。但在分娩過程中，胎兒如吞入羊水量過多，或吞入被胎糞污染或已被感染的羊水，或含較多母血的羊水，即可發生新生兒咽下綜合征。